U okviru Sektora za pravne i finansijske poslove osnivaju se dvije unutrašnje organizacione jedinice i to:
- Odsjek za pravne i opće poslove;
- Odsjek za finansijsko materijalne poslove.
- Odsjek za pravne i opće poslove vrši izradu normativnih akata Službe; priprema prijedloge akata koje Služba upućuje Vijeću ministara Bosne i Hercegovine; vrši poslove koji se odnose na pravne, kadrovske i opće poslove; vrši poslove u vezi zasnivanja i prestanka radnog odnosa; vodi sve potrebne evidencije koje proističu iz radnog odnosa; priprema sve vrste ugovora; vrši poslove u vezi ostvarivanja prava iz zdravstvenog i penzionog osiguranja; vodi zapisnike sa sjednica Stručnog kolegija Službe; vodi pisarnicu Službe i arhiviranje dokumentacije; vrši prijepis iz rukopisa, po diktatu ili štampanih materijala; vodi evidenciju o nekretninama na kojima pravo raspolaganja imaju institucije Bosne i Hercegovine.
- Odsjek za finansijsko materijalne poslove vrši poslove izrade finansijskih planova; prati odobrena i utrošena sredstva po ekonomskim pozicijama; izrada finansijskih izvještaja Zakonom propisanih, izrada godišnjih finansijskih izvještaja, vodi evidenciju stalnih sredstava, inventara, kao i sve knjigovodstveno-finansijske poslove; sarađuje sa Ministarstvom finansija i trezora, ovlaštenim revizorima i odgovornim službenicima za predmetnu oblast izvještaj prema proračunu, poslove iz područja plaća, materijalnih troškova i druge analitičko planske poslove, priprema fakture; pravi realizaciju pruženih usluga i ispostavljenih faktura, vodi budžetske knjige sredstva i utrošak sredstava po pozicijama, vrši blagajničke poslove, evidencije svih naknada, te štampanje i umnožavanje i povezivanje štampanih i umnoženih materijala; priprema i objedinjuje zahtjeve budžetskih korisnika za javne nabavke, priprema tendersku dokumentaciju vezano za javna obavještenja zajedničkih institucija, vrši utovar i istovar materijala, roba, opreme i inventara, prijenos inventara, roba, ambalaže i materijala od pojedinih korisnika usluga.